בעולם עסקי, דינאמי ומשתנה, מבנה מטריציוני הוא הכרח. אולם, מימוש מוצלח של המבנה המטריציוני מותנה ביכולתו של הארגון להתמודד עם המורכבות הפנימית הטבועה בו. במקומות רבים בהם פועל הארגון במתכונת מטריציונית הוא נדרש לשלם מחירים רבים: פגיעה בבהירות הנתפסת של תהליכי העבודה, מתיחות בעקבות ריבוי אינטראקציות בין היחידות בארגון וקונפליקטים תפקידיים הצפים אל הרובד הגלוי של העשייה הארגונית.
